这些无不说明忍者与大名之间的关系并非一成不变，而是充满了动态的变化。在这两者之间的平衡，反倒促使对于火影世界中那些各大忍村的稳定，使国家正常化，可以说如果没有大筒木黑绝后来的事，与宇智波佐助、漩涡鸣人的主角光环，忍村要么变成以大名为主的旧关系，要么推翻大名建立真正的忍者国。
由于国家间经济发展的不平衡导致经济差距加大，国家提供资金给忍村，忍村要负责国家的防御和进攻，各国忍村武斗派势力抬头，以加大公平的特权为由，推行以武力来势力扩张，掠夺资源，忍界大战忍者是下场，挑起战争的是国家。
第二次忍界大战爆发！
在战争开始前，火之国和木叶高层为了先发制人，决定向雨之国宣战，并寻求借路。与此同时，岩隐和砂隐也没有犹豫，紧接着对雨之国宣战。
这样一来，雨之国成为了四大国的战场，陷入了复杂的战争局势。在这种情况下，雨之国的忍者不得不面对来自四个国家的敌人，处境极其艰难。
雨之国的地理位置，导致四个国家在雨之国展开了激烈的争斗，在第二次忍界大战期间，雨之国由于地处土、风、火三大国之间，沦为了主战场。多国忍者部队在雨之国境内交战，给雨之国带来了沉重的灾难。大量平民在战乱中失去家园，甚至生命。
弥彦、长门和小南这三位孤儿就是在这场战乱中失去父母的。他们成为了流浪儿，在战争的阴影下艰难求生。
雨隐村首领山椒鱼半藏无法坐视雨之国继续遭受这样的灾难，他向入侵雨之国的大国宣战。于是，火之国、风之国、雷之国和土之国之间在多个战场展开了激烈的战斗，第二次忍界大战进入了白热化阶段。
在这场战争中，各个忍者村都付出了沉重的代价，双方的损失都非常惨重。然而，战争并未就此停止，而是继续吞噬着无数生命和家园。
先是三大忍村在雨隐村激战，最终木叶胜利，但山椒鱼半藏所说的木叶胜利，应该是火之国和木叶对雨隐战争胜利，但不是第二次忍界大战胜利。
随后应该木叶和雨隐对战另外两个忍者村。雨之国借路后，火之国的木叶穿过去与岩隐和砂隐交战，其补给依赖雨火线，由此为了破坏后勤，千代的毒因为伤害木叶也伤害了雨忍，半藏便与千代交手起来，可以说此时的山椒鱼半藏是真正的半神半藏。
随后，自来也遇到了弥彦、小南和长门这三个战争孤儿。他心生怜悯，决定留下来照顾他们，希望他们能够在这残酷的战争中找到一丝温暖和希望。
尽管他努力为这三个孩子提供了庇护和关爱，但他们仍然需要面对战争的现实。自来也教给他们忍术，希望他们能够保护自己，同时也希望他们能够为了和平而战斗。
在自来也的指导下，弥彦、小南和长门逐渐成长为强大的忍者。他们组建了名为“晓”的组织，旨在通过和平手段改变世界的命运。
自来也的关爱和教导对这三个孩子的成长产生了深远的影响。尽管战争仍在继续，但他们已经下定决心，要为了和平而努力，让世界远离战火与痛苦。
但是，战争并未因为自来也的善举而结束，云隐村为了将尾兽用于军事目的，不断地进行尾兽试验。然而，由于人柱力未能完全控制尾兽，八尾多次暴走，对云隐村造成了严重破坏。每次制止失控的八尾都会出现众多的伤亡。
为了寻求能够控制尾兽的力量，云隐村将目光投向了具有特殊查克拉能够封印尾兽的漩涡一族。于是，云隐忍者趁战乱潜入木叶村，拐走了漩涡玖辛奈。
波风水门得知消息后，毫不犹豫地独自一人前去营救玖辛奈。尽管当时水门和玖辛奈都只有10岁，还只是从忍者学校刚毕业的年幼下忍，并没有被派上战场。但水门已经展现出了非凡的天赋，轻松地将三名成年云隐忍者击倒，成功地解救了玖辛奈。
这次事件使得玖辛奈对水门产生了好感，两人的缘分由此开始。同时，这次事件也反映出木叶村在战争期间防卫疏松，给了云隐村可乘之机。
第二年，战争转入局部式战斗，火之国突入风之国境内，雷之国突入土之国境内，结束标志就是岩隐和砂隐，进攻失败。
就在这一年，第二次忍界大战结束，但是武斗派，并没有停下来。第三次忍界大战结束后，武斗派算是彻底消停下来。除了云隐，各国都在削减军备了。
双方战争包括
雨隐VS砂隐：
雨隐与砂隐交战，战场上山椒鱼半藏所释放的毒全都被千代破解，还被千代发现了山椒鱼填补毒气需要五分钟的缺点，这让半藏感到十分头疼，因此，半藏称呼千代是“傀儡老太婆”，千代称呼半藏是“戴通气管的老头”。
雨隐VS木叶：
雨隐与木叶隐交战，战场上半藏通灵出山椒鱼井伏释放大范围毒物令木叶隐大批忍者倒下，最后战场上仅剩下自来也、纲手、大蛇丸三人仍在坚持，半藏非常赏识他们，因此赋予他们“木叶三忍”的名号。
这场战争结束后，许多忍者与居民流离于饿死的边缘，木叶隐的两名上忍为了搜刮食物资源，进入长门的家中杀死了长门的父母，导致长门轮回眼力量暴走杀死了那几名忍者。之后长门与同样在这场战争中成为孤儿的弥彦和小南相遇，三人靠偷窃维持生存，后来他们遇到尚未回国的木叶隐三忍，自来也决定留在雨隐收三人为徒。
木叶VS砂隐：
砂隐与木叶隐交战，战场上号称“木叶白牙”的旗木朔茂出手斩杀了蝎的父母，导致千代十分憎恨旗木朔茂。千代制作的毒全都被木叶隐的纲手破解，也让千代感到十分感到棘手。
同年，绳树在一次战斗中误入敌人设置的爆炸符陷阱，不幸被炸死。纲手的弟弟绳树年仅12岁就牺牲在了战场，这让纲手的心灵受到了极大的创伤。